Il existait jadis un renard-démon à neuf queues. Chacune de ses queues pouvait faire écrouler les montagnes et élever des raz de marées… A cause de ce fléau, les hommes durent former une troupe de Ninja. L’un d’entre-eux réussit à vaincre ce démon-renard. Ce fut le 4ème Hockage. Juste avant de mourir, il réussit à enfermer le démon dans le ventre d’un nouveau-né .. Il voulait que ce bébé soit reconnu comme celui qui a accueilli en lui le démon-renard, mais par malchance, cet enfant est fuit comme la peste par les membres du village. Et cet enfant s’appelle Naruto !

Donc fuit et orphelin de naissance, il passe son temps à faire des bêtises, pour compenser le fait qu’il soit seul : c’est le seul moyen, pour lui, de se faire remarquer !
Mais puisqu’il passe son temps à jouer des tours, il n’étudie pas ! Et est par conséquent l’élève le moins doué de sa classe…
Le jours des examens, il se loupe lamentablement en essayant de créer un clone (c’était l’exercice demandé).

Mizuki, un de ses professeurs et examinateurs, lui fait croire que Iruka (un autre professeur et aussi officieusement le tuteur de Naruto) lui donnera son diplôme si il parvient à maîtriser l’une des techniques interdites. Dans l’espoir d’avoir le diplôme, Naruto va voler le rouleau où sont inscrites les techniques et passer la nuit à en apprendre une !

Pendant ce temps, tous les ninjas ont appris que Naruto avait volé le rouleau et sont à sa recherche…

Le premier à retrouver le « voleur » est Iruka, mais celui-ci se rend compte bien vite qu’en fait ,Mizuki avait dupé Naruto et souhaitait s’emparer du rouleau car il est dit que « celui qui réussirait à maîtriser toutes les techniques interdites par le premier Hokage serait invincible  » !

Il s’ensuit une course poursuite dans la forêt où Naruto parvient à se cacher avec le rouleau, grâce à une entourloupe d’Iruka. Cependant  Mizuki parvient à coincer Iruka et, au moment où il allait le tuer, Iruka montre qu’il tient à Naruto. Celui-ci sort de sa cachette et grâce à la seule technique qu’il a appris, Naruto parvient à battre Mizuki…

Grâce à sa victoire, Iruka remet le « diplôme » à Naruto. Celui-ci va donc être pris en charge par un ninja de niveau supérieur, avec deux autres élèves.
Il va s’ensuivre une fabuleuse aventure où Naruto jusqu’alors rejeté va apprendre le sens du mot amitié !